Incluido dentro de los cuatro museos pertenecientes a la red de museos de Cantabria gestionados por el gobierno regional, junto con La Casona de Tudanca, Museo Marítimo de Santander y Museo Etnográfico de Muriedas.


Se encuentra situado en la Plaza Pedro Ygareda en el interior de una Casona típica montañesa del s. XVIII conocida como “La Casona de Carrejo”, declarada Bien de Interés Cultural en el año 1984. En ella destaca la arcada que da paso al zaguán o soportal de entrada en la fachada principal, su amplia solana, la desproporcionada capilla privada que fue construida con posterioridad y el escudo de armas, en las que figuran los emblemas de las familias Barreda, Cos y Gayón.


El museo fue Inaugurado en 1990 y ha sido remodelado en 2003. En él, el visitante podrá adentrarse de manera didáctica a las diferentes especies animales y vegetales propias de la región mediante mapas y paneles ilustrativos, donde entrará en contacto directo con la naturaleza y ecosistemas de Cantabria.


La exposición se divide en tres apartados con diferentes espacios donde se descubre en profundidad la flora y la fauna autóctona; “franja costera y ríos”, “el bosque” y” la alta montaña”.


Existe también, una sala situada en la antigua capilla de la casona, dedicada a exposiciones temporales y conferencias, así como a sala de audiovisuales, y en la que de forma permanente se exponen videos explicativos de la flora y fauna de Cantabria.